Authored Books
- M. C. Mackey, M. Santillán, M. Tyran-Kamińska, and E. S. Zeron, Simple Mathematical Models of Gene Regulatory Dynamics, New York: Springer (2016), DOI: 10.1007/978-3-319-45318-7
- M. Santillán, Chemical Kinetics, Stochastic Processes, and Irreversible Thermodynamics, New York: Springer (2014), DOI: 10.1007/978-3-319-06689-9
Edited Books
- O. L. Hernández Chávez, M. E. Pacheco Quintanilla, M. Santillán Zerón and H. J. Uriarte Rivera, editors, La revolución einsteniana de 1905, después ya nada fue igual (published in Spanish, title translation: On Einstein's revolution from 1905, nothing was the same afterwards), México City: Instituto Politécnico Nacional Press (2005).
- O. L. Hernández Chávez, M. E. Pacheco Quintanilla, and M. Santillán Zerón, editors, Tendencias actuales de la Física en México (published in Spanish, title translation: Current trends of Physics in México), México City: Instituto Politécnico Nacional Press (2008).
Book Chapters
- M. Santillán and E. Zavala (2005) Einstein y la consolidación de la teoría atómica de la materia (published in Spanish, title translation: Einstein and the consolidation of the atomic theory of matter), in O. L. Hernández Chávez, et al., editors, La revolución einsteniana de 1905, después ya nada fue igual,México City: Instituto Politécnico Nacional Press, pp 189-202.
- M. Santillán Zerón (2005) Einstein y la consolidación de la teoría atómica de la materia (published in Spanish, title translation: Einstein and the consolidation of the atomic theory of matter), in O. L. Hernández Chávez, et al., editors, La revolución einsteniana de 1905, después ya nada fue igual,México City: Instituto Politécnico Nacional Press, pp 189-202.
- M. Santillán, Eduardo S. Zeron, and M. C. Mackey(2008) Systems Biology of the Tryptophan Operon,in L. B. Wilson, editor, Mathematical biology research trends, Hauppauge, NY: Nova Science Pulishers, ISBN: 978-1-60456-141-8.
- M. Santillán Zerón (2008) Biología de Sistemas, tendencias interdisciplinarias en Biología (published in Spanish, title translation: Systems Biology, interdisciplinary trends in Biology), in O. L. Hernández Chávez, et al., editors, Tendencias actuales de la Física en México, México City: Instituto Politécnico Nacional Press, pp 263-277.
- M. Santillán Zerón (2009) Robustez dinámica y optimización termodinámica en sistemas biológicos converidores de energía (published in Spanish, title translation: Dynamic robustness and thermodynamic optimization in energy-converting biological systems), in L. García-Colín Scherer, et al., editors, Física Biológica en México, temas selectos 2 México City: El Colegio Nacional Press, pp 259-274.
- M. Santillán-Zerón (2010) Max Planck: los dilemas de un hombre justo (published in Spahish, title translation: Max Planck: the dilemas of a righteous man), in L. García-Colín Scherer, J. L. del Río-Correa, and H. Uriarte-Rivera, editors, Max Planck: a 150 años de su nacimiento, México City: El Colegio Nacional, pp 27-39, ISBN: 978-607-7630-54-08
- E. Salazar-Cabazos and M. Santillán (2012) Transcriptional bursting in the tryptophan operon of E. coli and its effect on the system stochastic dynamics, in Rakesh R. Sharma, editor, Enzyme Inhibition and Bioapplications, Rijeka, Croatia: InTech, pp 179-194, ISBN: 978-953-51-0585-5